造礁石珊瑚的鉴定主要根据其骨骼的外形，无性生殖的方式及骨骼表面的形貌，珊瑚体隔片发育的轮数，隔片的大小及其附属装饰结构、轴柱的有无等特征来分类定种，而现代生存的石珊瑚科以上的分类阶元则是根据骨骼的微细结构确定它们的归宿（需切片、磨片、镜检）。所以石珊瑚高阶元的分类及其演化是诸家百说。本文采用Veron根据现代石珊瑚的形态分类、动物地理学，结合古生物学修正了Wells的六放（射）珊瑚演化系统。现得知我国的造礁石珊瑚有14科54属174种，现只介绍4个科。
 

　　1、杯形珊瑚科Pocilloporidag 群体分枝，珊瑚群体呈笙形或融合形，珊瑚杯径0．5～2mm，群体由外触手芽形成，很少超过二轮隔片，甚至退化无隔片。轴柱针状或无。常见的有柱形珊瑚属Stylophora、排孔珊瑚属Seriatopora和杯形珊瑚属Pocillopora。在海南岛有杯形珊瑚属，珊瑚杯小，杯径小于lmm，隔片发育不全，或退化成刺状，或无。轴柱无或稍突起，珊瑚骼固实，在海南岛民间称为“海花”。常见的种类有鹿角杯形珊瑚P．damicornis和疣状杯形珊瑚P．verru-cosa等。在广东、广西沿岸找不到杯形珊瑚。
 

　　2、鹿角珊瑚科Acroporidae外触手芽形成块状、叶状或分枝状群体。珊瑚体笙状，直径一般小于2mm，有围鞘。共骨表面有刺或槽。无轴柱或轴柱小、弱。该科常见有鹿角珊瑚属Acrop- ora、蔷薇珊瑚属Montipora和星孔珊瑚属As- treopora。
 

　　2.1 鹿角珊瑚属 群体分枝状，有些分枝吻合，极少数短分枝块状或皮壳状。在分枝或小枝顶端有一个大的轴珊瑚体（axial corallite）和众多的辐射珊瑚体（radial corallites）。辐射珊瑚体有管形、鼻形、管鼻形、唇形、半斜口管形等，这是区分种的特点之一。围鞘网状或假珊瑚肋（pseudo－costate）状，无轴柱，该属是印度- 太平洋区系中的优势属，种类和数量最多，而且随环境的变异也最大。如粗野鹿角珊瑚A．humilis在流急风大的环境，群体基部皮壳甚大，分枝矮而粗壮；在浪小较稳定的环境，分枝发育充分，长笋似挺拔有力。美丽鹿角珊瑚A．formosa是印度- 太平洋区的优势种。
 

　　2.2 蔷薇珊瑚属 群体块状、叶状、多枝状或皮壳状。珊瑚杯小，直径小于1mm，无轴珊瑚体，壁多孔，无轴柱。共骨网状，状饰有多种形状竖立的小骨刺。该属在珊瑚礁中较为普通，在礁平台潮间带区指状蔷薇珊瑚 Montipora digitata是优势种。常见的还有叶状蔷薇珊瑚M．foliosa等。
 

　　3、菌珊瑚科 Agariciidae群体由内外触手芽形成，壁是合隔桁壁（synapticulothecate），有孔或无孔。轴柱由小梁组成，圆形或长形；有些属无轴柱。该科常见的属有牡丹珊瑚属Pavona和厚丝珊瑚属Pachyseris。
 

　　3.1 牡丹珊瑚属 群体由圆、凹的边缘芽形成。呈水平板状、波纹单面状、皮壳状、柱状或两面叶状群体。隔生珊瑚肋（septocostae）形成脊塍（colline），由合隔桁（synapticulae）相联或不联。轴柱由扁平小梁突起或无。该属常见的有十字牡丹珊瑚Pavona decussata、叶状牡丹珊瑚P．frondifera 和易变牡丹珊瑚P．varians。
 

　　3.2 厚丝珊瑚属 群体叶状或不规划块状，叶状群体由隔片珊瑚肋形成的脊塍长而与边缘相平行；块状群体脊塍长短不一。该属常见有皱纹厚丝珊瑚P．rugosa。
 

　　4、石芝珊瑚科Fungiidae 群体或单体，幼体时有一附着柄，成体时游离自由生活，圆盘形或长卵形。群体单口道或多口道。合隔桁壁。隔片多，幼片期隔片透明。珊瑚肋连续或断续成刺状突起。小梁组成轴柱或不发育。隔片齿和背刺的类型是定种的重要特征。该科常见的属有石芝珊瑚属Fungia、圆饼珊瑚属Cycloseris、双裂珊瑚属Diaseris、石叶珊瑚属Lithophyllon、多叶珊瑚属 Polyphyllia、绕石珊瑚属 Herpolitha、帽状珊瑚属Halomitra、履形珊瑚属Sandalolitha和足柄珊瑚属Podabacia等。石芝珊瑚属为单体，盘形或椭圆形，平或凸，随幼体所在环境而变化。成体体壁有孔。珊瑚肋绝大部分蜕减成背刺，隔片无孔。隔片边缘齿和背刺是分类的重要特征。生活大部分为黄色，少数边缘有一圈玫瑰红色。常见有石芝珊瑚F．fungites，刺石芝珊瑚F．echinata等。